Это исследование было недавно опубликовано в Nature Communications.Джуджубе — крупный коммерческий фрукт, который выращивается на площади до 30 миллионов акров, что близко к площади яблони и цитрусовых, и на долю Китая приходится 99% из 6 миллионов тонн сухофруктов, производимых ежегодно.
Зизифус имеет гораздо более высокое содержание витамина С, чем другие хорошо известные фрукты, богатые витамином С, такие как апельсин и киви, а также высокий уровень нуклеотидов, полисахаридов и других важных функциональных компонентов. Кроме того, мармелад обладает высокой устойчивостью к засолению и засухе и хорошо растет в песчаных, щелочных и засушливых районах. Таким образом, расшифровка генома дерева мармелад будет иметь большое значение для использования этих важных черт.Геном мармелада имеет самую высокую степень гетерозиготности (1,9%) среди растений, секвенированных на сегодняшний день с использованием секвенирования следующего поколения (NGS).
Кроме того, очень высокая плотность простых повторов последовательности и низкое содержание GC делают геном ююбы особенно сложным для секвенирования и сборки всего генома. Используя комбинацию секвенирования BAC-to-BAC и секвенирования всего генома без ПЦР, исследователи смогли успешно завершить высококачественное секвенирование de novo 98,6% предполагаемого генома ююбы, идентифицировав 32 808 генов.
«Это исследование ускорило исследования функциональной геномики дерева мармелад и будет способствовать генетическому улучшению и селективному разведению плодовых деревьев облепихи», — сказал профессор Мэнджун Лю, руководитель исследовательской группы Хэбэйского сельскохозяйственного университета. «Это исследование не только показывает опыт команды и мощь технологии секвенирования, но мы также ожидаем, что ее будущие применения принесут больше пользы и преимуществ в производстве здоровой пищи».