Милан, Италия: Анализ генетической изменчивости в экзоме, последовательности ДНК генов, которые транслируются в белок, может помочь в раскрытии причины состояний, для которых ранее не могли быть обнаружены генетические причины, и это может напрямую повлиять на клиническое лечение, ежегодная конференция Европейского общества генетиков человека. Доктор Джейн Хехир-Ква, доцент кафедры биоинформатики в группе трансляционных исследований, Департамент генетики человека, Radboud UMC, Неймеген, Нидерланды, опишет результаты исследования своей группы, целью которого было определить, являются ли варианты числа копий (CNV) большими. геномные делеции или дупликации могут способствовать развитию других заболеваний, помимо умственной отсталости.Роль CNV в умственной отсталости хорошо известна, но их значение в других условиях менее важно. «Есть, например, отчеты о случаях, описывающих делеции при слепоте, но никто не определил полную степень CNV в других группах пациентов», — скажет д-р Хехир-Ква.
Команда провела скрининг 600 пациентов, у которых не удалось установить диагноз или причинную мутацию, используя текущую методологию секвенирования всего экзома (WES), и провела исследование всего генома на предмет причинной делеции или дупликации. По их словам, это первый раз, когда кто-либо систематически проверял механизм заболевания у такой большой и разнообразной группы пациентов, включающей пять разнородных состояний — умственную отсталость, глухоту, слепоту, нарушения обмена веществ и двигательные нарушения.
«Для этих групп пациентов для скрининга мутаций традиционно использовались целевые генные подходы, и, следовательно, вклад CNV в эти группы заболеваний никогда не устанавливался, а полногеномное тестирование применялось редко», — говорит д-р Хехир-Ква. «Наши результаты показывают, что CNV — относительно обычное клинически значимое событие».CNV были обнаружены у пациентов с различными видами расстройств, например, пигментный ретинит (слепота), синдром Ушера (глухота), миопатия Бетлема / Ульриха (врожденная форма мышечной дистрофии), синдром гипотонии-цистинурии (нарушение обмена веществ у новорожденных. ) и Х-сцепленный иммунодефицит (наследственное заболевание иммунной системы).«Хотя WES не идеален с точки зрения полной каталогизации геномных вариаций, наша работа показала, что он может играть важную роль в диагностике.
Помимо помощи нам в разработке более эффективных стратегий клинического ведения пациентов, он также влияет на их прогноз и предоставляет информацию, которая может помочь нам в консультировании по вопросам репродуктивного здоровья для пострадавших людей », — говорит д-р Хехир-Ква. «В результате мы теперь предлагаем скрининг CNV, выполняемый в нашем исследовании, в качестве стандартной диагностической процедуры в анализе экзома для пациентов, у которых генетическая причина их состояния ранее не была обнаружена».Исследователи говорят, что диагностическая ценность различается для разных категорий заболеваний.
Традиционный скрининг на генетические мутации может объяснить 27% умственной отсталости, 52% слепоты и до 20% людей с митохондриальными и двигательными нарушениями. «Это означает, что 48-80% пациентов, прошедших скрининг на WES, не получают генетического диагноза. По нашим оценкам, путем поиска CNV в экзонных областях этих недиагностированных пациентов мы можем найти такой диагноз еще примерно у четырех процентов. в частности, условия слепоты, по-видимому, дают самый высокий выход CNV — до семи процентов », — говорит д-р Хехир-Ква. "Я хотел бы, чтобы скрининг большего числа типов геномных вариантов стал стандартной процедурой в генетической диагностике. Геном человека может содержать все виды различных вариантов, всех форм и размеров, и важно, чтобы мы учли все эти варианты. учетная запись."
Когда WES предлагается в качестве диагностического теста первого уровня, он может дать высокую диагностическую ценность, а в результате — более быстрая диагностика при меньших затратах. «Чем более полным и тщательным мы сможем сделать такой диагностический тест, тем более доступным мы сделаем генетическое тестирование для населения. Однако клинические специалисты в области здравоохранения должны быть хорошо информированы о различных механизмах генетических заболеваний, чтобы обеспечить наилучшее консультирование пациентов. , "Заключит доктор Хехир-Ква.