Теперь, согласно новому исследованию, опубликованному в журнале «Методы экологии и эволюции», исследователи усовершенствовали свой метод отслеживания видов, используя биологический материал, который эти организмы оставляют после себя, известный как экологическая ДНК (eDNA).Следы eDNA несут ту же важную информацию, что и прямой образец ДНК, такой как образец крови или ткани. Подумайте о работе, проделанной судебными экспертами, которые могут идентифицировать людей по прядям волос.
До сих пор исследователи полагали, что ДНК, выделяемая организмами в их водной среде, была значительно деградированной и имела низкое качество, что затрудняло извлечение этих фрагментов и сопоставление их с конкретным видом.Оказывается, клетки, которые рыба сбрасывает в воду, защищают плотно свернутую ДНК.«Нам удалось обнаружить длинные неповрежденные фрагменты ДНК и работать с ними», — сказал Майкл Э. Пфрендер, директор Genomics.
Основной фонд биоинформатики и доцент кафедры биологических наук и инициативы по изменению окружающей среды Университета Нотр-Дам. «Это полностью меняет преобладающее мнение о том, что мы можем работать только с короткими фрагментами сильно деградированной eDNA. Теперь мы можем начать использовать информацию, полученную из этих длинных цепочек ДНК, для более точной идентификации видов и выявления генетических вариаций внутри видов».Исследователи собрали образцы воды из озер, прудов и ручьев и использовали технологию полимеразной цепной реакции (ПЦР) для амплификации или копирования полных митохондриальных геномов из электронной ДНК, обнаруженной в этих средах.Благодаря этому усовершенствованному методу ученые могут получить более подробную картину биоразнообразия в различных водных средах обитания.
«Предпринимаются постоянные усилия по заполнению баз данных, таких как Genbank Национального центра биотехнологической информации (NCBI)», — сказал Пфрендер. «У нас нет генетических сигнатур для всего биоразнообразия, которое мы хотели бы отслеживать. Эти базы данных имеют решающее значение, чтобы помочь нам идентифицировать различные виды, живущие в этих сообществах».
Метод, использованный в исследовании, не только более точен, но и более эффективен, когда речь идет о поиске инвазивных видов и борьбе с ними.