«Мы выделили вирус в клетках, но не знали, что это такое», — сказал Хауз. «Мы использовали секвенирование следующего поколения, чтобы идентифицировать его, и оказалось, что это был энтеровирус свиньи G, который был описан ранее, но никогда ранее не обнаруживался в Северной Америке».Этот вирус считается доброкачественным и не вызывает заболевания, но ранее о нем сообщалось только в Европе и Азии.«К счастью, энтеровирус свиней G мало влияет на свиней, но вызывает опасения по поводу проникновения других вирусов через границу», — сказал Хауз. «Мы не уверены, оставался ли он здесь в течение некоторого времени незамеченным или появился недавно. По совпадению, вирус был наиболее похож на китайские изоляты 2012 года и был обнаружен примерно в то же время, что и пара других вирусов: вирус эпидемической диареи свиней. и дельтакоронавирус свиньи, оба из которых были обнаружены в Китае в те же сроки, что и в США "И вирус эпидемической диареи свиней, и дельтакоронавирус свиней нанесли серьезный экономический ущерб производителям свиней в Северной Америке и влияют на несколько других аспектов свиноводства.
Хауз нанес на карту эти вирусы в Государственной ветеринарной диагностической лаборатории Канзаса, чтобы гарантировать надежность методов секвенирования следующего поколения, которые он использует для идентификации и характеристики патогенов. Вскоре методика будет предложена в лаборатории.«Когда мы изолируем вирусы, мы можем полностью секвенировать их геномы», — сказал Хауз. «Мы можем хорошо понять, что заставляет эти вирусы работать.
Секвенирование следующего поколения идет дальше и позволяет нам выполнять метагеномное секвенирование, при котором мы не изолируем вирус. Вместо этого мы можем упорядочить всю ДНК, содержащуюся в образце, включая ДНК хозяина, а также считывает все вирусы в образце. Это универсальный метод обнаружения вирусов, который мы адаптировали и применили в ветеринарной диагностике ».Последняя работа Хауса привела к открытию вируса гриппа у крупного рогатого скота.
«Был взят образец свиньи, который, как мы думали, был гриппом, но все остальные тесты были отрицательными», — сказал Хауз. «Вместо этого мы обнаружили, что это был совершенно новый тип гриппа. Последующие исследования показали, что он широко распространен среди крупного рогатого скота, а не только у свиней. Сейчас мы изучаем связь этого штамма гриппа крупного рогатого скота с респираторными заболеваниями на откормочных площадках».
До прихода в Университет штата Канзас в мае Хауз работал директором диагностической лаборатории в Newport Labs в Уортингтоне, штат Миннесота. Он работал над своей статьей о свином энтеровирусе G вместе с Ричардом Гессе, диагностическим вирусологом из Государственной ветеринарной диагностической лаборатории Канзаса, который помог нанять Хаузе в университет для дальнейшей разработки его методологии секвенирования следующего поколения, которая имеет другие преимущества от идентификации и характеристики патогенов.«По мере того, как вирус мутирует и изменяется, можно использовать секвенирование следующего поколения, чтобы помочь обновить вакцины, чтобы они оставались эффективными», — сказал Хауз. «С помощью этой технологии мы можем создать базу данных с коллекцией вирусов в зависимости от того, откуда они пришли и какие клинические проявления наблюдались.
Затем мы можем проанализировать этот набор данных, чтобы сопоставить вакцины или получить дополнительную информацию о возбудителе. Некоторые заболевания такие как грипп, быстро мутируют и изменяются и могут переходить от людей к свиньям и обратно к людям, поэтому как для здоровья животных, так и для здоровья человека важно, чтобы мы как можно больше отслеживали и понимали эти вирусы ».