База данных рДНК растений — это первая база данных, которая собирает информацию о положении генов, кодирующих рибосомную ДНК растений (ДНКр). Веб-сайт Genome Size in Asteraceae Database (GSAD) представляет собой исчерпывающий каталог данных о размере генома одного из крупнейших и экономически важных семейств покрытосеменных: Asteraceae.
Гены, кодирующие рибосомную ДНК
Название, положение и организация генов рибосомальной ДНК (5S и 18S-5.8S-26S) в хромосомах характерны для определенного вида, рода или группы растений.
Таким образом, эта информация полностью полезна для фундаментальных исследований, изучения генотипа, эволюционной биологии и программ улучшения сельскохозяйственных культур. «Посещая этот веб-сайт, исследователи могут узнать, есть ли какие-либо опубликованные результаты по какой-либо таксономической группе, и получить доступ к каталогу, который позволяет анализировать и сравнивать данные», — объясняет Соня Гарсия, исследователь из лаборатории ботаники фармацевтического факультета и член EtnoBioFic Research Group.
База данных о рибосомальной ДНК получена из более 600 научных работ по молекулярной цитогенетике растений. «Более 50% статей, проиндексированных в базе данных, были опубликованы за последние десять лет; это доказывает, что существует растущий интерес к этой информации и потребность в компиляции», — утверждает Соня Гарсия. «На сегодняшний день, — добавляет исследователь, — эти данные было так сложно найти, поскольку они были разбросаны по множеству публикаций.«База данных включает информацию о локализации ДНКr генов покрытосеменных, голосеменных, мохообразных и птеридофитов.
Первая база данных о размере генома семейства растений
Портал GSAD включает данные о размере генома около 1200 видов сложноцветных, одного из крупнейших семейств покрытосеменных, собранные из 133 научных работ. Семейство сложноцветных распространено по всему миру, за исключением Антарктиды.
Он включает около 25 000 видов; некоторые из них являются экономически важными, например: подсолнечник, салат, артишоки и хризантемы. Это первая база данных, в которой собрана такая информация об этом семействе растений.
Сравнительные исследования эволюционной генетики с живыми существами используют размер генома и общее количество ядерной ДНК для оценки стоимости программ секвенирования. «GSAD предоставляет исследователям прямую информацию, поэтому им не нужно искать ее в многочисленных публикациях», — отмечает Гарсия. «Таким образом, избегаются двойные усилия, пробелы в знаниях выявляются легче, а аспекты исследований генома сложноцветных, вызывающие больший интерес, выявляются», — заключает она.
Эти два инструмента, предоставленные международному научному сообществу, являются результатом исследования, разработанного Исследовательской группой EtnoBioFic под руководством профессора Джоан Валлес из Департамента натуральных продуктов, биологии растений и эдафологии UB и Ботанической лаборатории фармацевтического факультета, а также Тереза Гарнатье, исследователь Ботанического института Барселоны (IBB-CSIC-ICUB). Группа в основном заинтересована в понимании эволюционной истории различных групп растений, а также эволюции их генома и процессов, вовлеченных в нее. Помимо цитогенетических исследований, группа также развивает исследования, направленные на филогенетику и филогеографию.
Его направления исследований также основаны на изучении истории ботаники и этноботанических исследований; Другими словами, он развивает исследования взаимоотношений между людьми и растениями, а также традиционных знаний о растениях, особенно на территориях каталонского языка. В основном они проводят этнофлористические работы, уделяя особое внимание использованию лекарственных и пищевых растений.
Сайты платформ:
База данных рДНК растений
http: // www.завод.com /
Размер генома в базе данных сложноцветных (GSAD)
http: // www.сложноцветные.ком