Доктор. В статье Хайбе-Каинса исследуются результаты двух крупномасштабных фармакогеномных исследований — проекта «Геном рака» (CGP) и «Энциклопедии линии раковых клеток» (CCLE), опубликованных в прошлом году в журнале «Nature». Основная цель этих исследований заключалась в выявлении геномных биомаркеров, которые могли бы предсказать реакцию пациентов на противоопухолевые препараты. Поскольку больные раком часто проявляют различную реакцию на противоопухолевое лечение, и данные показывают, что ответ частично определяется индивидуальными для пациента изменениями генома, исследования линий раковых клеток уже давно используются для проверки эффективности терапевтических агентов и изучения геномных факторов, связанных с ответом на лекарства.
В этих двух исследованиях был проведен скрининг нескольких новых и одобренных лекарств на почти 1000 панелях линий раковых клеток, из которых 15 лекарств и 471 линия клеток были общими.
«Эти исследования предоставили нам уникальную возможность взглянуть на воспроизводимость открытия биомаркеров в доклинических условиях», — говорит д-р. Хайбе-Каинс, директор исследовательского подразделения биоинформатики и вычислительной биологии IRCM. "Наша цель состояла в том, чтобы изучить единообразие и несоответствия между результатами двух независимых исследований и оценить потенциал построения прогнозных моделей реакции на лекарства на основе этих результатов."
Доктор. Хайбе-Каинс и его исследовательская группа наблюдали в целом хорошую согласованность геномных профилей, которые содержат информацию обо всех генах в организме и могут использоваться для определения реакции на лекарство. Однако измерения чувствительности к лекарствам, использованные в двух исследованиях, были очень противоречивыми.
«Мы считаем, что причины таких различий заключаются в отсутствии стандартизации экспериментальных анализов и методов анализа данных», — добавляет д-р. Хайбе-Каинс. "Например, в исследованиях тестировались разные концентрации наркотиков и использовались разные статистические модели для анализа своих данных. Кроме того, из-за расхождений в данных о чувствительности к лекарственным средствам некоторые потенциальные биомаркеры не соответствовали двум исследованиям."
«Эти фармакогеномные исследования, как правило, являются первым шагом в более крупном экспериментальном трубопроводе, где лекарственные препараты-кандидаты и биомаркеры проходят дальнейшую валидацию в исследованиях на животных и клинических испытаниях на людях», — поясняет д-р. Хайбе-Каинс. "Наши результаты подтверждают необходимость стандартизации измерений реакции на лекарства или разработки новых, надежных тестов на чувствительность к лекарствам, чтобы определить надежные геномные предикторы реакции на лекарства или эффективно определить механизм действия лекарства."
«Важно отметить, что наше исследование и полученные в результате наблюдения были бы невозможны, если бы данные не были хорошо документированы и не были доступны для научного сообщества», — заключает д-р.
Хайбе-Каинс. «Это большой успех для науки об открытых данных и воспроизводимых исследований, и мы хотели бы поблагодарить исследователей из исследований CGP и CCLE, которые сделали свои бесценные данные доступными для исследователей во всем мире. Без этих данных мы не смогли бы обнаружить расхождения. Теперь нам необходимо работать вместе, чтобы улучшить воспроизводимость крупномасштабных скрининговых исследований, чтобы мы могли идентифицировать новые терапевтические агенты и их потенциальные комбинации с существующими лекарствами."