Такеши Ханами, Дайан Делобель и коллеги из Центра технологий естественных наук RIKEN, Профилактическая медицина RIKEN Программа инноваций Diagnosis и K.K.DNAFORM сообщают о разработке нового молекулярного зонда сегодня в журнале PLOS ONE.ПЦР для полимеразной цепной реакции — это простой и недорогой метод амплификации ДНК, широко используемый для анализа ДНК и РНК в лабораториях медико-биологических наук. ПЦР также применяется в больницах для диагностики заболеваний, идентификации бактерий и вирусов или в судебной медицине.
Во время ПЦР небольшие количества целевых молекул ДНК копируются и быстро амплифицируются, что позволяет исследователям анализировать ДНК, тестировать ее или клонировать.Эпобоны — это короткие ДНК-олигонуклеотиды, меченные двумя флуоресцентными красителями, присоединенными к одному и тому же нуклеотиду. Во время реакции амплификации ДНК зонды связываются с вновь синтезированными фрагментами ДНК, испуская сильный сигнал флуоресценции при связывании, что позволяет исследователям отслеживать реакцию в режиме реального времени. В своем исследовании исследователи использовали Eprobes для обнаружения генетических вариаций в генах опухолей EGFR и KRAS человека путем комбинирования ПЦР в реальном времени с методом гибридизации.
Они показывают, что Eprobes обеспечивают решающие преимущества перед обычно используемыми зондами для гибридизации из-за их уникального снижения фонового сигнала, повышенной аффинности связывания ДНК и очень низкого уровня ложноположительных результатов.«Eprobe® позволяет использовать методы ПЦР в реальном времени, которые приобретают все большее значение для медицинской диагностики и многих приложений в биологических науках, потому что они могут обеспечивать количественные результаты и повышенную надежность по сравнению со стандартными методами ПЦР», — объясняет Кенго Усуи, лидер генетической диагностики. Технологический отдел в Центре технологий естественных наук RIKEN.
«Эта новая технология позволит разработать передовые форматы анализов для одновременного обнаружения нескольких генов-мишеней, что необходимо, например, при диагностике опухолей», — объясняет Такеши Ханами, первый автор статьи.«Мы очень воодушевлены потенциалом нового Eprobes», — комментирует Маттиас Харберс, приглашенный научный сотрудник отдела геномных технологий Центра технологий естественных наук RIKEN и руководитель проекта разработки Eprobe. «В реакциях Eprobes действовали как флуоресцентные красители, специфичные для последовательности, что дает им большой потенциал для использования в качестве зондов для гибридизации не только в ПЦР и анализе кривой плавления, но и в других важных приложениях, таких как, например, флуоресцентная гибридизация in situ или FISH».