Сегодня иберо-американская группа ученых из Аргентины, Бразилии, Мексики и Испании по инициативе Иберо-американской программы науки и технологий в целях развития (CYTED) расшифровала геном мезоамериканской фасоли (Phaseolus vulgaris). Результаты сообщаются в текущем выпуске журнала Genome Biology.
Проект возглавляли Альфредо Эррера-Эстрелла из Национальной лаборатории геномики биоразнообразия, Ирапуато, Мексика, Родерик Гиго, координатор программы Центра геномной регуляции и лектор Университета Помпеу Фабра, и Тони Габалдон, профессор-исследователь ICREA. и руководитель группы Центра геномного регулирования в Барселоне, Испания,
Геном содержит наследственную информацию, присутствующую в клетках живых организмов, и определяет их биологические характеристики.
Систематическое исследование генома растений поможет улучшить как традиционные, так и биотехнологические подходы к сельскому хозяйству. Это также будет способствовать улучшению сельскохозяйственных культур по ключевым характеристикам, таким как устойчивость к засухе или питательные качества съедобных семян, и расширяет возможности использования сельскохозяйственных культур не только в качестве продуктов питания, но и в промышленности.
Команда PhasibeAm выбрала конкретную линию фасоли MesoAmerican для геномного секвенирования (BAT93), учитывая ее актуальность для создания сортов, которые в настоящее время используются в коммерческих целях. Команда создала надежную технологическую платформу, которая завершилась секвенированием и сборкой 620 миллионов пар оснований, которые были бы эквивалентны «буквам» генома. В геноме был идентифицирован в общей сложности 30 491 ген, и ученые также проанализировали паттерны их экспрессии, что означает, что они изучали, «когда» и «где» эти гены функциональны. Кроме того, они также наблюдали и определили важные события в ходе эволюции, которые сформировали бобовое растение в том виде, в каком мы его знаем сегодня.
"Последовательность генома бобов, как ранее секвенированного сорта Анд, так и мезоамериканского сорта, определенно будет способствовать идентификации генов, участвующих в устойчивости к болезням, засухе и солеустойчивости, азотфиксации, формировании репродуктивных клеток и качестве семян, среди прочего другие ", — заявляет Родерик Гиго, координатор программы биоинформатики и геномики в Центре геномной регуляции в Барселоне, Испания. На втором этапе проекта будет секвенирован геном как минимум десятка других сортов бобов и некоторых их близких родственников. Это позволит идентифицировать гены, связанные с одомашниванием. «Это пример того, как биоинформатика и секвенирование генома, таким образом, будут способствовать производству более качественных и более продуктивных сортов сельскохозяйственных культур, которые стали необходимыми для потребления человеком», — добавляет Альфредо Эррера-Эстрелла, глава группы по развитию грибков и экспрессии генов в Национальная лаборатория геномики биоразнообразия в Ирапуато, Мексика.
Проект PhasIbeAm, направленный на секвенирование обычных мезоамериканских бобов, был запущен в 2009 году Ибероамериканской программой науки и технологий в целях развития (Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnologia para el Desarrollo, CYTED) с основной целью поддержки программ селекции видов, чтобы привести к более продуктивным сортам бобов и к более рациональному сохранению мезоамериканского генофонда этого вида. Общий бюджет проекта составил 2 доллара США.482.000 финансируется Министерством науки, технологий и производственных инноваций (MINCyT) Аргентины, Национальным советом по научному и технологическому развитию (CNPq) Бразилии, Министерством экономики и конкурентоспособности (MINECO) Испании, Национальным советом науки и Technology (CONACyT) Мексики и Иберо-американская программа науки и технологий в целях развития (CYTED).