Свиньи, как одно из первых прирученных животных, были приручены в основном на Ближнем Востоке и в Китае примерно 10 000 лет назад. С тех пор в результате комбинированного воздействия естественного отбора и искусственного отбора, инициированного человеком, свиньи развили фенотипическое разнообразие по внешнему виду, плодовитости, росту, вкусовым качествам и местной приспособленности. Поскольку генетическая основа этой адаптивной эволюции оставалась в значительной степени неизученной, ученые в этой статье провели полногеномное секвенирование и выборочный анализ, пытаясь выяснить генетическую основу, способствовавшую адаптации домашних китайских пород свиней, особенно связанную с термостатической регуляцией для различных — широта среды.В текущем исследовании ученые отобрали 69 особей свиней, представляющих 11 географически различных пород и 3 популяции кабанов из холодных и жарких сред Китая.
Это один из первых популяционных геномных анализов, в котором используется секвенирование полного генома свиней с высоким охватом, каждая особь секвенирована более чем в 20 раз с охватом генома 95%. Всего идентифицировано 41 миллион вариантов, из которых 21 миллион вариантов отсутствовал в базе данных dbSNP. По сути, был составлен почти полный каталог генетических вариантов, что позволило ученому идентифицировать полногеномный набор локусов для локальной адаптации у китайских свиней.При сканировании по всему геному был идентифицирован набор локусов генов, соответствующих термостатической регуляции.
Примечательно, что исключительно большая (14 Mb) область с низкой рекомбинацией на Х-хромосоме, по-видимому, имеет два различных гаплотипа в высокоширотных и низкоширотных популяциях, которые, возможно, могут быть ответственны за адаптацию к холодной и горячей окружающей среде соответственно. Еще одним удивительным открытием этого исследования было то, что адаптивный гаплотип в высокоширотных популяциях, вероятно, был занесен из другого дивергентного вида Sus. Это первый пример адаптивной эволюции, вызванной межвидовой интрогрессией у домашних животных, который дал нам ключ к пониманию того, что событие интрогрессии между разными видами может быть важным ресурсом для эволюционной адаптации и может в значительной степени облегчить этот процесс.Ликай Мао, руководитель проекта BGI, сказал: «Мы обнаружили, что многие локусы могут быть связаны с адаптацией к окружающей среде.
Когда мы заметили большую область с особым рисунком на гаплотипе хромосомы X, мы поняли, что что-то там должно быть».