Профессор VIB / UGent Свен Эйкерман, работающий как в протеомической, так и в интерактивной лаборатории, хорошо осведомлен о недостатках традиционных подходов к анализу белковых комплексов. Условия лизиса, необходимые в основанных на масс-спектрометрии стратегиях разрушения клеточных мембран, часто влияют на межбелковые взаимодействия. «Первый шаг в классическом исследовании белковых комплексов, по сути, превращает высокоорганизованную клеточную структуру в большой беспорядок», — объясняет Эйкерман.
Вдохновленный вирусной биологией, Эйкерман придумал творческое решение. «Мы использовали естественный процесс образования частиц ВИЧ в наших интересах, взломав совершенно безопасную форму вируса для похищения неповрежденных белковых машин из клетки». Хорошо известно, что вирус ВИЧ захватывает ряд белков-хозяев во время образования своих частиц. При слиянии белка-приманки с белком GAG ВИЧ-1 партнеры по взаимодействию оказываются захваченными вирусоподобными частицами, которые отпочковываются от клеток млекопитающих. Далее используются стандартные протеомные подходы для выявления содержания этих частиц.
Соответственно, команда назвала метод «Виротрап».Подход Virotrap является исключительным, поскольку белковые сети можно охарактеризовать в естественных условиях.
Улавливая белковые комплексы в защитной среде вирусоподобной оболочки, неповрежденные комплексы сохраняются в процессе очистки. Исследователи показали, что метод подходит для обнаружения известных бинарных взаимодействий, а также для идентификации новых белковых партнеров на основе масс-спектрометрии.Virotrap — это хрестоматийный пример объединения исследовательских групп, обладающих дополнительными знаниями. Перекрестное опыление с лабораториями Яна Тавернье (VIB / UGent) и Криса Геварта (VIB / UGent) позволило разработать эту платформу.
Ян Тавернье: «Виротрап представляет собой новую концепцию комплексного анализа, в котором стабильность комплекса физически гарантируется защитной физической структурой. Он дополняет арсенал существующих методов взаимодействия, но также имеет потенциал для других областей, таких как определение характеристик мишеней лекарств. Мы также разработали низкомолекулярный вариант Virotrap, который может успешно улавливать белковые партнеры для низкомолекулярных приманок ».
Крис Геваерт: «Виротрап также может повлиять на наше понимание путей заболевания. Мы были действительно удивлены, увидев, что эта основанная на вирусе система может быть использована для изучения антивирусных путей, таких как передача сигналов толл-подобных рецепторов. необходимо, если мы хотим изменить их активность при патологии ».