Оптимизированная система испытаний по обнаружению новых видов, связывающая таксономические исследования с публикацией открытых данных

Партнерство открывает путь к открытию и сохранению большого количества «небольших данных», подтверждающих выводы исследований, которые часто теряются в течение нескольких лет после публикации статьи в академическом журнале.В первом примере нового сотрудничества в действии, Журнал данных о биоразнообразии содержит рецензируемое описание нового вида пауков, обнаруженного во время полевых курсов на Борнео всего месяц назад.

В то же время данные, показывающие местонахождение паука в природе, автоматически собираются Глобальным информационным фондом по биоразнообразию (GBIF), а более обширные данные, такие как изображения и описание видов, экспортируются в Энциклопедию жизни (EOL).Согласно недавнему исследованию, опубликованному в Current Biology, это контрастирует со средним «сроком хранения» в 21 год между открытием нового вида в полевых условиях и его формальным описанием и наименованием.Группа ученых и студентов открыла новый вид пауков во время полевых занятий на Борнео под руководством Джереми Миллера и Менно Шилтуйзена из Центра биоразнообразия Naturalis, расположенного в Лейдене, Нидерланды.

Этот вид был описан и представлен онлайн с поля в Журнал данных о биоразнообразии через спутниковое интернет-соединение вместе с соответствующими данными. Рукопись была рецензирована и опубликована в течение двух недель с момента подачи. В день публикации GBIF и EOL собрали и разместили данные на своих платформах.Новый рабочий процесс, установленный GBIF, EOL и Pensoft Publishers ‘Biodiversity Data Journal при поддержке швейцарской неправительственной организации Plazi, автоматически экспортирует данные о лечении и происшествиях в Darwin Core Archive, стандартный формат, используемый GBIF и другими сетями для обмена данными из много разных источников.

Это означает, что GBIF может извлекать эти данные в день публикации статьи, делая их немедленно доступными для науки и общественности через свой портал и веб-сервисы, дополнительно обогащая данные о биоразнообразии, уже свободно доступные через сеть GBIF. Точно так же информационные и мультимедийные ресурсы становятся доступными через страницы видов EOL.

Одна из основных целей партнерства — обеспечить доступность таких данных для будущего использования в исследованиях. Недавнее исследование, опубликованное в Current Biology, показало, что 80% научных данных теряются менее чем через 10 лет после их создания.

Дональд Хоберн, исполнительный секретарь GBIF, прокомментировал: «Большой объем чрезвычайно важной информации о видах в мире фактически недоступен, разбросан по тысячам небольших наборов данных, тщательно отобранных таксономическими исследователями. Мне очень интересно, что этот новый рабочий процесс поможет сохранить их. «небольшие данные» и немедленно сделать их доступными для повторного использования через наши сети ».«Повторное использование данных, опубликованных на бумаге или в формате PDF, является огромной проблемой во всех областях науки», — сказал профессор Любомир Пенев, управляющий директор Pensoft и основатель журнала Biodiversity Data Journal. «Эта проблема была решена в первую очередь нашими партнерами из Plazi, которые создали рабочий процесс для извлечения данных из устаревшей литературы и отправки их в GBIF. Рабочий процесс, запущенный в настоящее время GBIF, EOL и Biodiversity Data Journal, радикально сокращает путь от публикации данных до их совместное использование и повторное использование, что делает весь процесс рентабельным », — добавил профессор Пенев.

Разработка рабочего процесса от BDJ и Plazi до GBIF через Darwin Core Archive была поддержана финансируемым ЕС проектом EU BON (Создание европейской сети наблюдения за биоразнообразием, грант № 308454). Основная концепция была первоначально обсуждена и изложена в ходе проекта про-биосферы (координация и разработка политики в рамках подготовки к Европейской открытой системе управления знаниями о биоразнообразии, направленная на приобретение, курирование, синтез, функциональную совместимость и распространение, грант № 312848).