Авторы, Бертельс и др. аль., в расширенном онлайн-издании Molecular Biology and Evolution не только показывают, что этот более простой метод может приводить к значительным ошибкам и систематическим ошибкам при реконструкции филогении, но также разработали новый онлайн-инструмент под названием REALPHY (построитель филогении на основе сравнения последовательностей), который автоматически реконструирует эволюционные деревья на основе данных, созданных с помощью данных секвенирования следующего поколения, таким образом, чтобы избежать этих ошибок и смещений. Применяя этот новый метод к нескольким коллекциям бактериальных геномов, авторы показывают, что этот метод не менее точен, а зачастую и более точен, чем традиционные методы.
«Мы считаем, что REALPHY упростит любому исследователю получение точных филогенетических данных на основе данных секвенирования следующего поколения», — сказал автор-корреспондент Фредерик Бертельс из Базельского университета, Швейцария.
Программное обеспечение достаточно простое для использования биологами без особых знаний в области биоинформатики.
REALPHY доступен через веб-сервер, что позволяет быстро и автоматически генерировать множественные выравнивания последовательностей из различных форматов данных последовательностей генома (e.грамм., Последовательности Illumina, черновики геномов, полностью секвенированные геномы), а также автоматическая реконструкция филогении из этих выравниваний.