В статье, опубликованной 15 сентября в расширенном онлайн-издании Nature Methods, исследователи из Калифорнийского университета в Сан-Диего предлагают новый подход, называемый сетевой стратификацией (NBS), который идентифицирует подтипы рака не по единичным мутациям отдельных пациентов. но по тому, как эти мутации влияют на общие генетические сети или системы.«Подтипирование — самый простой шаг к цели персонализированной медицины», — сказал главный исследователь Трей Идекер, доктор философии, начальник отдела генетики Медицинской школы Калифорнийского университета в Сан-Диего и профессор кафедры медицины и биоинженерии Калифорнийского университета в Сан-Диего. «На основании данных пациентов пациенты распределяются по подтипам с соответствующими видами лечения. Например, известно, что один подтип рака хорошо реагирует на лекарство А, но не на лекарство Б. Без подтипа все пациенты по определению выглядят одинаково, и у вас есть не знаю, как относиться к ним по-другому ".
Недавние достижения в области знаний и технологий упростили (и удешевили) секвенирование отдельных геномов, особенно при лечении рака, который, по сути, является заболеванием генов.Но гены «крайне неоднородны», — сказал Идекер.
Именно в сочетании, под влиянием других факторов, мутировавшие гены вызывают такие заболевания, как рак. Рак каждого пациента генетически уникален, что может повлиять на эффективность и результаты клинического лечения.
«Когда вы смотрите на данные пациентов на уровне генов, все выглядят по-разному», — сказал Идекер. «Но когда вы смотрите на затронутые биологические сети и системы, группировки действительно появляются. Никакие гены не мутируют в одном и том же месте, но мутации действительно появляются в одних и тех же генетических путях».В частности, ученые изучили соматические мутации — присутствующие в опухолях, но не в здоровых тканях — в данных пациентов с раком легких, матки и яичников, составленных Атласом генома рака, текущей программой, финансируемой Национальными институтами здравоохранения, для сбора и каталогизируют геномы тысяч больных раком.
Идекер сказал, что подход NBS имеет непосредственное клиническое значение. Секвенирование генома онкологических больных быстро становится стандартной частью диагностики. По его словам, клиницисты могут использовать NBS, чтобы лучше подбирать лечение для подтипа рака.
И за счет записи результатов лечения, направляя эти результаты обратно в базу данных, они могут дополнительно усовершенствовать и улучшить методы лечения рака, сделав их такими же персонализированными, как и сами люди.Соавторы: Матан Хофри, Департамент компьютерных наук и инженерии, UCSD; Джон П. Шен и Ханна Картер, медицинский факультет Калифорнийского университета в США; и Эндрю Гросс, Департамент биоинженерии, UCSD.
Финансирование этого исследования частично было предоставлено Национальными институтами здравоохранения по грантам P41 GM103504 и P50 GM085764.
