Четыре центра обработки данных, в том числе один, расположенный в Рутгерсе, Государственный университет Нью-Джерси; и Суперкомпьютерный центр Сан-Диего (SDSC) / Школа фармацевтики и фармацевтических наук Скаггса при Калифорнийском университете в Сан-Диего поддерживают онлайн-доступ к трехмерным структурам биологических макромолекул, которые помогают исследователям понять многие аспекты биомедицины, сельского хозяйства и экология, от синтеза белка до здоровья и болезней до биологической энергии.
Основанный в 1971 году, этот центральный публичный архив экспериментально определенных структур белков и нуклеиновых кислот достиг этой важной вехи благодаря усилиям структурных биологов всего мира.
«PDB является важным ресурсом для международного сообщества работающих ученых, в которое входят все, от генетиков до фармацевтических компаний, заинтересованных в лекарствах», — сказал лауреат Нобелевской премии Венки Рамакришнан из лаборатории молекулярной биологии MRC в Кембридже, Англия.
«SDSC стал безопасным убежищем для PDB с тех пор, как он прибыл в Калифорнийский университет в Сан-Диего в конце 1990-х вместе с Филом Борном», — сказал директор SDSC Майкл Норман. «Это был проект, который изначально вовлек нас в науку о данных, и он остается важным элементом нашей стратегии« больших данных ». Поздравляю проект PDB с успехом и достижением этой важной вехи."
Борн недавно присоединился к Национальным институтам здравоохранения в качестве заместителя директора по науке о данных. Ранее он был заместителем вице-канцлера по инновациям и отраслевым альянсам, профессором кафедры фармакологии и Школы фармации и фармацевтических наук Скаггса в Калифорнийском университете в Сан-Диего, заслуженным ученым SDSC, а также заместителем директора RCSB (Исследовательское сотрудничество в области структурных исследований). Биоинформатика) PDB.
Функция следует форме
В 1950-х годах ученые впервые напрямую взглянули на структуры белков и ДНК на атомном уровне. Определение этих ранних трехмерных структур с помощью рентгеновской кристаллографии открыло новую эру в биологии, основанную на тесной связи между формой и биологической функцией. Поскольку ценность архивирования и совместного использования этих данных была быстро признана научным сообществом, PDB была создана в качестве первого цифрового ресурса открытого доступа во всей биологии в результате международного сотрудничества в 1971 году с центрами обработки данных, расположенными в США.S. и Соединенное Королевство.
Среди первых структур, депонированных в PDB, были миоглобин и гемоглобин, две молекулы, связывающие кислород, чьи структуры были выяснены лауреатами Нобелевской премии по химии Джоном Кендрю и Максом Перуцем. Благодаря регулярному обновлению на этой неделе, PDB приветствует 219 новых структур в архиве. Эти структуры присоединяются к другим, жизненно важным для открытия лекарств, биоинформатики и образования, в общей сложности 100 147 статей.
PDB еженедельно выпускает около 200 новых структур для научного сообщества.
К этому ресурсу сотни миллионов раз в год обращаются исследователи, студенты и преподаватели, стремящиеся изучить, как разные белки связаны друг с другом, чтобы прояснить фундаментальные биологические механизмы и открыть новые лекарства.
Будущие вызовы
Поскольку научное сообщество с нетерпением ожидает, что в PDB будет размещено еще много структур, а также бесценные знания, которые принесут эти дополнения, увеличивающееся количество, размер и сложность этих данных представляют собой серьезные проблемы для управления архивом. Ранее в этом году wwPDB запустила новую систему нанесения и аннотации, предназначенную для удовлетворения растущих потребностей научного сообщества в течение следующего десятилетия.
С момента запуска более 750 рентгеновских кристаллографических структур из 30 стран было депонировано с помощью новой системы.