Коллективное взаимодействие помогает выбрать связующего партнераНо какова цель такого взаимодействия?
Исследователи подошли ближе к ответу на этот вопрос с помощью моделирования молекулярной динамики. Было продемонстрировано, что движение молекул воды вблизи активного центра белка, так называемого кармана связывания, связано с потенциальными партнерами связывания в водном растворителе.«Это движение заставляет молекулы воды образовывать своего рода воронку гидратации, составляющую часть механизма молекулярного распознавания у обоих партнеров», — объясняет профессор доктор Мартина Хавенит-Ньюен. Более того, движения молекул воды оказались специфичными для определенных партнеров по связыванию.
Таким образом, если в растворителе есть разные потенциальные кандидаты на связывание, все из которых конкурируют за связывание с белком, считается, что эти коллективные движения воды способствуют связыванию.В заключение, такие коррелированные движения воды могут поддерживать взаимодействие биомолекул, таких как ферменты и белки, с их партнерами по связыванию и играть значительную роль в их взаимном узнавании, позволяя биомолекуле выбирать или отвергать определенных партнеров по связыванию.
Проект был реализован под эгидой кластера передового опыта RESOLV — Ruhr изучает Solvation (ECX 1069) при поддержке Немецкого исследовательского фонда.
